A maior parte das proteínas ingeridas são polipeptídeos ou maiores, mas nem todas as ptoteínas são igualmente digeridas pelo homem. As proteínas vegetais são as menos digeridas. Entre as mais digeridas estão a proteína do ovo. As enzimas que realizam a digestão das proteínas são divididas em dois grandes grupos: as endopeptidades e as exopeptidases. As endopeptidades, também chamadas de proteases atacam ligações peptídicas no interior da cadeia de aminoácidos e quebram uma cadeia loga em fragmentos menores. Exemplos de proteases incluem a pepsina, secretada no estômago; a tripsina e a quimiotripsina, secretadas pelo pâncreas. As exopeptidases liberam aminoácidos dos peptídeos, clivando-os a partir da extremidade. As exopeptidases digestórias mais importantes são duas isoenzimas da carboxipeptidase, secretadas pelo pâncreas; eas aminopeptidades, que desempenham um papel menor na digestão.

       Sabe-se que a digestão das proteínas é iniciada no estômago. No estômago será secretado um tipo de enzima que é de extrema importância para a digestão das proteínas esta enzima é denominada como pepsinogênio. No entanto, tal enzima é inativa quando encontra em um pH diferente de 2-3 (extremamente ácido), então, para que a enzima obtenha um phHpropício para sua atividade, as células Parietais secretam um ácido denominado de ácido clorídrico ou HCl, sendo que este ácido possui um ph = 0,8 que quando em contato com os demais conteúdos gástricos atinge um ph ótimo para a ativação do pepsinogênio que agora passará a se chamar pepsina. Com isso, as cadeias proteolíticas perdem a forma e ficam mais acessíveis ao ataque das enzimas.

       A pepsina possui uma característica muito importante que é a capacidade de digerir o colágeno. Esta proteína é pouco afetada por outras enzimas, e é um importante constituinte do tecido conjuntivo das carnes. Para que as demais proteínas sejam digeridas é necessária à digestão do colágeno em primeiro lugar. No intestino delgado, acontece a maior parte da digesão das proteínas na primeira porção intesinal, que é o duodeno. Lá, as proteínas sofrem a ação das enzimas produzidas pelo pâncreas (tripsina, quimotripsina, elastase e carboxipolipeptidase), em seguida, vão terminar a conversão das proteínas em peptídeos.